【基礎編】
第1章　総論
1.　メタゲノム解析とは何か
1.1　はじめに
1.2　メタゲノム解析の基本的なウェット実験プロセス
1.3　メタゲノム解析の基本的なバイオインフォマティクス
1.4　メタゲノム解析とレファレンスゲノム
1.5　細菌叢メタゲノム解析と環境生態系
1.6　国際動向
1.7　おわりに

2.　メタゲノム関連技術の産業利用と世界動向
2.1　メタゲノム解析とは
2.2　メタゲノム解析に関する会議
2.3　メタゲノム解析に必要なDNAの調製
2.4　メタゲノム解析
2.5　主なメタゲノム解析プロジェクト
2.6　企業の活動
2.7　バイオインフォマティクス
2.8　技術開発の進展に伴う今後のメタゲノム解析

第2章　解析技術
1.　メタゲノム解析におけるバイオインフォマティクス
1.1　はじめに
1.2　ヒト腸内細菌叢メタゲノム解析を例に
1.3　メタゲノム配列からの遺伝子予測

2.　メタゲノムデータベース
2.1　メタゲノム解析とは
2.2　メタゲノム解析専用のデータベース
2.3　比較メタゲノム解析
2.4　メタデータの重要性
2.5　メタゲノム解析に利用可能なデータベース
2.6　リファレンスゲノムの重要性
2.7　16S rRNA群集構造解析について
2.8　おわりに

3.　比較ゲノムにおけるインフォマティクス基盤
3.1　はじめに
3.2　微生物ゲノム情報の蓄積
3.3　オーソログ解析
3.4　微生物の比較ゲノムデータベース
3.5　コアゲノム解析
3.6　比較ゲノム解析ワークベンチ

4.　メタゲノムの産業利用
4.1　はじめに
4.2　メタゲノムからの有用遺伝子の探索
4.3　メタゲノムの産業利用=新規有用遺伝子の探索における課題
4.4　おわりに

5.　腸内細菌叢ゲノムDNAの調製法
5.1　はじめに
5.2　糞便サンプル
5.3　凍結糞便サンプルからの細菌細胞の回収
5.4　細菌細胞の溶菌・破砕とゲノムDNA精製のためのプロトコール
5.5　細菌ゲノムDNAの精製
5.6　16S rRNA遺伝子配列解析
5.7　メタゲノム解析方法
5.8　各手法により精製された細菌ゲノムDNA量とそのクオリティの比較
5.9　DNAのクオリティに関する各手法間の比較
5.10　結論

【応用編】
第3章　環境・海洋
1.　メタゲノム解析から地下深部環境を探る
1.1　はじめに
1.2　地下鉱山の熱水流路に繁茂する微生物マットのメタゲノム解析
1.3　下北半島東方沖海洋掘削コアサンプルのメタゲノム解析

2.　マリンメタゲノム:海洋性難培養微生物からの有用遺伝子・物質の探索
2.1　はじめに
2.2　カイメン共生・共在バクテリアのメタゲノムライブラリー構築
2.3　メタゲノムライブラリーからの有用遺伝子スクリーニング
2.4　シングルセルバイオロジーからメタゲノミックス
2.5　おわりに

3.　難培養性微生物種のゲノム解析技術とシロアリ腸内共生機構
3.1　はじめに
3.2　難培養性細菌種の少数細胞からのゲノム完全長配列取得
3.3　培養不能細菌種のゲノム解析が明らかにしたシロアリ腸内共生機構
3.4　シングルセル・ゲノミクスと今後の展望

4.　微生物群集のメタトランスクリプトーム解析
4.1　はじめに
4.2　トランスクリプトーム解析の意義
4.3　環境微生物のトランスクリプトーム解析
4.4　シロアリ共生原生生物のEST解析
4.5　おわりに

5.　嫌気的アンモニア酸化(anammox)の反応機構と微生物複合システム解析
5.1　はじめに
5.2　anammox細菌の発見
5.3　anammox細菌の多様性
5.4　anammox細菌のメタゲノム解析
5.5　anammoxの反応機構
5.6　おわりに

第4章　医療・健康
1.　ヒトマイクロバイオームのメタゲノム解析
1.1　はじめに
1.2　ヒト常在菌叢の細菌組成解析
1.3　ヒト腸内マイクロバイオームのメタゲノム解析
1.4　ヒト常在菌の個別ゲノム解析
1.5　次世代(第2世代)シークエンサーを用いた細菌叢メタゲノム解析
1.6　腸内細菌叢の機能と宿主との相互作用
1.7　腸内細菌叢と疾患
1.8　国際ヒトマイクロバイオーム計画と今後の展望

2.　次世代シークエンサーを用いた感染症の診断と解析
2.1　次世代DNAシークエンサーの感染症領域への応用
2.2　病原細菌の迅速ゲノム解析
2.3　メタゲノム解析による病原体検出
2.4　細菌感染症への応用
2.5　ウイルス感染症への応用
2.6　展望

3.　マウスモデルを用いた宿主―腸内フローラ間相互作用の解析
3.1　ノトバイオートマウスを用いた解析
3.2　SPFマウスを用いたマルチオミクス解析による腸内環境評価法の確立の試み
3.3　おわりに

4.　疾患とメタゲノム(腸内細菌と炎症性腸疾患)
4.1　はじめに
4.2　腸内細菌叢の構成と生体との相互作用
4.3　腸内細菌と疾患
4.4　メタゲノム解析の有用性
4.5　腸内細菌叢を標的とした治療
4.6　おわりに

5.　口腔内フローラのメタゲノム解析
5.1　はじめに
5.2　口腔フローラと口腔疾患
5.3　歯肉縁下プラークと歯周炎
5.4　口腔フローラのメタゲノム研究
5.5　おわりに

第5章　農業
1.　農耕地土壌の生物学的特性解明への挑戦
1.1　はじめに
1.2　スキムミルクを用いた土壌DNA抽出法の確立
1.3　PCR-DGGEを用いた農耕地土壌における生物学的特性の解析
1.4　eDNAプロジェクト
1.5　土壌メタトランスクリプトーム解析
1.6　今後の展望

2.　植物根圏土壌におけるメタゲノム解析
2.1　植物根圏とそこに棲む微生物
2.2　植物根圏微生物群集へのメタゲノム解析

3.　水田土壌のメタゲノム解析
3.1　はじめに(水田土壌の特徴と微生物)
3.2　水田土壌のメタゲノム解析
3.3　おわりに

4.　植物共生微生物の群集構造解析
4.1　はじめに
4.2　非培養法による植物共生微生物の群集構造解析の現状と問題点
4.3　細菌細胞濃縮法の開発
4.4　新時代の植物共生細菌の多様性解析・群集構造解析
4.5　植物共生科学におけるパラダイムシフト
4.6　今後の植物共生科学の展望:多様性解析からメタゲノム解析へ向けて