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刊行にあたって
ポストゲノム時代に入り,ライフサイエンス分野では生命情報ビッグバンとも呼ぶべき大量データが産出される状況となっています。それに伴ってWeb上に公開される分子生物学関連のデータベース数もこの10年で爆発的増加の一途をたどっています。
我が国においても,これまでゲノム解析プロジェクトやタンパク3000プロジェクトなど大型のデータ蓄積型の研究が多数実施されてきました。これらの成果はデータベースとして個別には整備・一般公開されてきたものの,統合的に公開する体制や恒久的な維持・管理を支援する制度づくりを重視してこなかったため,散逸・逸失してしまったものも多くあります。このような状況は,我が国のライフサイエンス分野における研究基盤の損失にもつながりかねません。
現在,内閣府主導のもと,我が国の研究開発を支える重要基盤として,ライフサイエンス統合データベースを構築する動きが本格的にスタートしています。将来的には省庁の垣根を越えて,国内のデータベースを一元化し,アカデミア,産業界の研究開発に還元することを目指すものです。
ゲノム解析技術の進展により,創薬のみならず,食品,農業,環境分野ではゲノム・遺伝子情報を活用する動きは盛んになっています。今後は過去に蓄積されたデータベースの利活用が研究開発における重要な鍵の一つになってくると思われます。
本書では,国が推進するライフサイエンス統合データベースの現状・課題や,製薬企業をはじめとした産業界におけるデータベース利用の展開などについて調査を行いました。
調査方法
公開情報検索,ヒアリング(大学・研究機関,製薬企業,食品企業など)
個票掲載
大学,研究機関:科学技術振興機構,理化学研究所,産業技術総合研究所,EBI,NCBIなど
著者一覧
目次 + クリックで目次を表示
総括
1. 本書におけるデータベースの定義
2. 国内のデータベースサービス市場
1)データベースサービス市場
2)商用データベース数
3. ライフサイエンスデータベースのプレーヤー
4. 国が推進するライフサイエンス統合データベースの現状と展開
5. ライフサイエンスデータベースの一般的な構造と分野
6. 産業界でのライフサイエンス分野のデータベースの活用事例
第1章 ライフサイエンスデータベースを取り巻く現状
1-1. ライフサイエンスデータベースの経緯
1-2. ライフサイエンスデータベースの現状と課題
1)ポストゲノム時代の大量データ化
2)公共データベースの課題
1-3. 統合データベース整備の動向
1)JST統合データベースプロジェクト
2)科学技術基本計画
3)公的データベースの産業利用の促進
4)省庁横断的なデータベース統合にあたっての課題
1-4. 産業分野におけるデータベース活用の重要性
1)data driven science
2)産業分野におけるデータベースの有用性
1-5. 産業におけるゲノム情報活用の動向
1)製薬企業の展開
2)食品・健康関連企業の展開
3)産業・畜産産業の動向
4)その他の分野の動向
1-6. 次世代ゲノム医療のためのトランスレーショナル研究の事例
1)臨床データの公的利用を目指したデータベースi2b2
2)臨床データ,環境情報を関連づけたデータベースiCOD
3)肝炎ウイルスゲノムと臨床情報の統合データベース構築研究
1-7 ポストゲノム時代におけるシステムバイオロジーの展開
1)米国におけるシステムバイオロジーの展開
2)日本におけるシステムバイオロジーの動向
1-8 製薬企業におけるシステムバイオロジーの活用展開
1)FCSB(Future Challenges for Systems Biology)
2)ICSB 2010(システムバイオロジー国際会議)
1-9 データベースの利用現状と課題
1)統合データベースの利用における課題
2)臨床情報データベースの研究利用における課題
1-10 データベース研究開発の動向
独立行政法人 農業生物資源研究所/東京医科歯科大学 難治疾患研究所/
独立行政法人 医薬基盤研究所/理化学研究所 オミックス基盤研究領域
1-11 データベースに関する参入企業の状況
1-11-1 パッケージソフト提供企業
アクセルリス/アジレントテクノロジーズ/CTCラボラトリーシステムズ/
インフォコム/化学情報協会 /トムソン・ロイター/富士通九州システムズ
1-11-2 システム・ソリューション企業の参入状況
三菱スペース・ソフトウエア/サイエンス・テクノロジー・システムズ/
ビッツ/三井情報/日立ソリューションズ/日立公共システムエンジニアリング/
アクセルリス/NEC
1-12 データベースに関する学会・コンソーシアムの取り組み
国際塩基配列データベース(INSD)/バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)/
日本PGxデータサイエンスコンソーシアム(JPDSC)/SAGE Bionetworks/
国際がんゲノムコンソーシアム/1,000人ゲノムプロジェクト/ヒトプロテオーム機構(HUPO)/
Worldwide Protein Data Bank(wwPDB)/Genome Reference Consortium
第2章 データベース運用機関の個票
(独)医薬基盤研究所/京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター/
(独)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター/日本DNAデータバンク(DDBJ)/
(独)農業生物資源研究所/ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)/
(独)理化学研究所 植物科学研究センター/European Bioinformatics Institute(EBI)/
National Center for Biotechnology Information(NCBI)
第3章 データベース運用機関へのヒアリング調査
1. (独)産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
2. JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
3. (独)理化学研究所 生命情報基盤研究部門(BASE)
第4章 データベース利用者へのヒアリング調査
第5章 省庁におけるデータベースプロジェクトの動向
5-1 内閣府
1)新成長戦略
2)医療イノベーション推進室
3)科学技術基本計画
4)東北メディカル・メガバンク構想
5-2 文部科学省
1)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
2)革新的細胞解析研究プログラム(セルイノベーションプログラム)
3)日本版診断群分類(DPC)データベースを用いた臨床疫学研究
5-3 科学技術振興機構(JST)
5-4 経済産業省
1)ポータルサイトMEDALSの構築・運用
2)ライフサイエンスデータベースプロジェクト
5-5 農林水産省
1)農林水産生物ゲノム情報統合データベース
2)画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備
5-6 厚生労働省
1)レセプトオンライン化とナショナルデータベース
2)日本のセンチネルプロジェクト
第6章 データベース利用の実際
6-1 データベース利用の実際
1)公共データベースの実情
2)データベース検索用ポータルサイト
3)Nucleic Acids Research
6-2 データベースにおけるデータ分類
6-3 データベース検索ツール
1)ホモロジー検索
2)モチーフ検索
3)マルチプルアラインメント
第7章 データベースリスト
1. 核酸データベース
2. RNAデータベース
3. ゲノムデータベース
4. 遺伝子変異・疾患関連データベース
5. パスウェイデータベース
6. タンパク質データベース
7. 文献データベース
