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キーワード：
チップ素材/マイクロアレイ技術/固定化技術/検出技術/DNAチップ/プロテインマイクロアレイ/抗体マイクロアレイ/低分子アレイ/ペプチドチップ/糖鎖アレイ/レクチンマイクロアレイ/対細胞マイクロアレイ
刊行にあたって
バイオチップは,生体分子や生体のもつ機構を用いて半導体マイクロチップに代わるエレクトロニクス素子を作成しようとする試みや,生体情報を物理化学信号に変換するバイオセンサーの要素技術の一つとして発展してきた。そして現在ではその展開範囲は大きく拡大し,マイクロ流路型とマイクロアレイ型として高い注目を集めている。前者は,マイクロレベルの流路に溶液を流し,微小な空間で分析や合成を行おうとするもので,主に半導体工業や機械工学技術の応用展開として発展したMEMS技術をもとにしたシーズからの発展である。後者は,DNAマイクロアレイ,DNAチップに代表されるように,多種類のプローブを微小チップ上に配置し,網羅的に分析を行おうとする主に生命科学の発展に伴いニーズとして発展してきたものである。
マイクロアレイ型は,ニーズに根ざすこともあり,研究用から臨床用へとその応用範囲を瞬く間に拡大してきた。中でもDNAマイクロアレイは,90年代中ごろから,生命科学の大規模分析と呼応して発展し,現在では,臨床分析でも用いられるようになってきた。そして,DNAだけでなく,タンパク質やその他の様々な生体分子を網羅的に分析しようとする様々なタイプのマイクロアレイが考案されてきており,今後の発展が大いに期待できる分野となっている。しかし,このようなマイクロアレイ型のバイオチップの製造の基礎から応用までを詳述した書籍は日本ではほとんどなかった。そこで,今回は最新のマイクロアレイ・バイオチップの基礎と応用にわたる研究を集大成した書物の発刊を企画した。既にDNAマイクロアレイ(DNAチップ)については類書があることから,極力重複がないようにし,「BIO INDUSTRY」誌2006年5月号と6月号で特集した内容も含め,基礎的な材料選びから製造法,さらには応用に繋がるまで一連の流れがわかりやすいようにまとめることに努力した。
マイクロアレイ型チップの発展は,ライフサイエンス分野で今後明らかになってくるバイオマーカー(疾患関連遺伝子,タンパク質を含む生体分子),バイオインフォマティクスの発展と密接に関連している。一方で,ユビキタス医療が提唱され,小型の診断装置があれば遠隔地からでも十分な診断情報が送受信できるような通信技術との連携も重要な要素となると考えられる。これら将来の展望を見据えたバイオチップ・テクノロジーの進歩は,未来医療に重要な貢献をすることが期待され,本書が少しでもそれに貢献できればと願う。
(「はじめに」より)
2007年10月 伊藤嘉浩
著者一覧
伊藤嘉浩 (独)理化学研究所 伊藤ナノ医工学研究室 主任研究員
岩瀬進介 住友ベークライト(株) S-バイオ開発部 マーケティングマネージャー
川原田洋 早稲田大学 理工学術院 ナノ理工学専攻 教授
長澤 浩 ソナック(株) 新製品開発室 主幹
山本伸子 キヤノン(株) コアテクノロジー開発本部 医工技術開発センター 上席担当部長,理学博士
小倉真哉 キヤノン(株) コアテクノロジー開発本部 コアテクノロジー開発推進センター 専任主任
川瀬三雄 日本ガイシ(株) 研究開発本部 商品開発センター GENESHOTプロジェクト 部長
山形 豊 (独)理化学研究所 VCADシステム研究プログラム 加工応用チーム チームリーダー
横山憲二 (独)産業技術総合研究所 バイオニクス研究センター 副研究センター長
平塚淳典 (独)産業技術総合研究所 バイオニクス研究センター 研究員
木下英樹 (独)産業技術総合研究所 バイオニクス研究センター 特別研究員
古田 大 (株)島津製作所 ライフサイエンス研究所 主査
池田 将 京都大学 工学研究科 合成・生物化学専攻 助教
浜地 格 京都大学 工学研究科 合成・生物化学専攻 教授
蘭 宗樹 横河電機(株) 技術開発本部 遺伝子計測研究所 マネージャ
田名網健雄 横河電機(株) 技術開発本部 遺伝子計測研究所 所長
橋本幸二 (株)東芝 研究開発センター 事業開発室 グループ長
鈴木正康 富山大学 大学院 理工学研究部 教授
田中 博 バイオ・ラッド ラボラトリーズ(株) マーケティング部 プロダクトマネージャー,理学博士
田代英夫 (独)理化学研究所 中央研究所 客員主管研究員
平野 久 横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 教授
岩船裕子 横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 研究員
荒川憲昭 横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 助教
荒木令江 熊本大学 大学院医学薬学研究部 腫瘍医学分野 准教授
古閑比佐志 かずさDNA研究所 ヒトゲノム研究部 ゲノム医学研究室 室長
清水史郎 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 専任研究員
宮崎 功 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 委託研究生
近藤恭光 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 先任研究員
叶 直樹 東北大学大学院 薬学研究科 合成制御化学分野 准教授
長田裕之 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 主任研究員
富崎欣也 (財)地球環境産業技術研究機構 化学研究グループ 研究員
三原久和 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授
隅田泰生 鹿児島大学 大学院理工学研究科 教授;(株)スディックスバイオテック 代表取締役
内山 昇 (独)産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター 研究員
平林 淳 (独)産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター 副センター長
長棟輝行 東京大学大学院 工学系研究科 バイオエンジニアリング専攻 教授
加藤耕一 東京大学大学院 工学系研究科 化学生命工学専攻(現所属:キヤノン(株) 先端融合研究所)
加藤功一 京都大学 再生医科学研究所 准教授
岩田博夫 京都大学 再生医科学研究所 教授
加賀千晶 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野
野村茂幸 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野
大河内美奈 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野 講師
加藤竜司 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野 助教
本多裕之 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野 教授
岩瀬進介 住友ベークライト(株) S-バイオ開発部 マーケティングマネージャー
川原田洋 早稲田大学 理工学術院 ナノ理工学専攻 教授
長澤 浩 ソナック(株) 新製品開発室 主幹
山本伸子 キヤノン(株) コアテクノロジー開発本部 医工技術開発センター 上席担当部長,理学博士
小倉真哉 キヤノン(株) コアテクノロジー開発本部 コアテクノロジー開発推進センター 専任主任
川瀬三雄 日本ガイシ(株) 研究開発本部 商品開発センター GENESHOTプロジェクト 部長
山形 豊 (独)理化学研究所 VCADシステム研究プログラム 加工応用チーム チームリーダー
横山憲二 (独)産業技術総合研究所 バイオニクス研究センター 副研究センター長
平塚淳典 (独)産業技術総合研究所 バイオニクス研究センター 研究員
木下英樹 (独)産業技術総合研究所 バイオニクス研究センター 特別研究員
古田 大 (株)島津製作所 ライフサイエンス研究所 主査
池田 将 京都大学 工学研究科 合成・生物化学専攻 助教
浜地 格 京都大学 工学研究科 合成・生物化学専攻 教授
蘭 宗樹 横河電機(株) 技術開発本部 遺伝子計測研究所 マネージャ
田名網健雄 横河電機(株) 技術開発本部 遺伝子計測研究所 所長
橋本幸二 (株)東芝 研究開発センター 事業開発室 グループ長
鈴木正康 富山大学 大学院 理工学研究部 教授
田中 博 バイオ・ラッド ラボラトリーズ(株) マーケティング部 プロダクトマネージャー,理学博士
田代英夫 (独)理化学研究所 中央研究所 客員主管研究員
平野 久 横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 教授
岩船裕子 横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 研究員
荒川憲昭 横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 助教
荒木令江 熊本大学 大学院医学薬学研究部 腫瘍医学分野 准教授
古閑比佐志 かずさDNA研究所 ヒトゲノム研究部 ゲノム医学研究室 室長
清水史郎 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 専任研究員
宮崎 功 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 委託研究生
近藤恭光 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 先任研究員
叶 直樹 東北大学大学院 薬学研究科 合成制御化学分野 准教授
長田裕之 (独)理化学研究所 長田抗生物質研究室 主任研究員
富崎欣也 (財)地球環境産業技術研究機構 化学研究グループ 研究員
三原久和 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授
隅田泰生 鹿児島大学 大学院理工学研究科 教授;(株)スディックスバイオテック 代表取締役
内山 昇 (独)産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター 研究員
平林 淳 (独)産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター 副センター長
長棟輝行 東京大学大学院 工学系研究科 バイオエンジニアリング専攻 教授
加藤耕一 東京大学大学院 工学系研究科 化学生命工学専攻(現所属:キヤノン(株) 先端融合研究所)
加藤功一 京都大学 再生医科学研究所 准教授
岩田博夫 京都大学 再生医科学研究所 教授
加賀千晶 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野
野村茂幸 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野
大河内美奈 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野 講師
加藤竜司 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野 助教
本多裕之 名古屋大学大学院 工学研究科 化学生物工学専攻 生物機能工学分野 教授
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【基礎編】
第1章 マイクロアレイ・バイオチップの基礎
1 マイクロアレイ・チップのはじまり
2 マイクロアレイの要素技術
2.1 基板素材
2.2 形状
2.3 マイクロアレイ技術
2.4 固定化法
2.5 検出技術
3 マイクロアレイ・バイオチップを使用した分析システム
4 マイクロアレイの標準化
5 マイクロアレイ・バイオチップのこれから
第2章 チップ素材と形状
1 プラスチック
1.1 従来から使用されてきた素材
1.2 期待される素材プラスチック
1.3 バイオチップに採用されるプラスチック基板開発
1.4 更なる付加価値を生み出すための表面処理開発
1.5 DNAチップへの適用
1.6 プロテインチップへの適用
1.7 マイクロ流路チップへの適用
1.8 結語:バイオチップ用素材はプラスチックベースが最適
2 ダイヤモンド上のDNA固定化技術とハイブリダイゼーション検出
2.1 どうしてダイヤモンド表面か?sp3結合のダングリングボンドの重要性
2.2 各種終端構造の性質
2.3 ダイヤモンド上でのリンカー分子を介してのDNA固定とリンカーなしの直接固定
2.4 ダイヤモンド表面での終端構造の作りわけと生体分子の相互作用と蛍光法によるハイブリダイゼーション
2.5 DNAの電界効果トランジスタによる電荷検出
2.6 ダイヤモンドの気相合成技術と結晶のタイプ
2.7 まとめ
3 マイクロアレイ型バイオチップの形状
3.1 バイオチップの基本概念と必要機能
3.1.1 マイクロアレイ型バイオチップ
3.1.2 マイクロ流路型バイオチップ
3.1.3 その他の検出方法のバイオチップ
3.2 マイクロアレイ型バイオチップに用いられる基材の特徴
3.3 各種のマイクロアレイ型バイオチップの形状
3.3.1 板状マイクロアレイ型
3.3.2 異型タイプ:スライドガラス様板状タイプ
3.3.3 異型タイプ:中空糸
3.3.4 異型タイプ:電気化学検出型
3.3.5 異型タイプ:ビーズアレイ
3.3.6 異型タイプ:糸巻き型アレイ
3.4 プローブ・オン・キャリア(POC)型バイオチップ
3.5 DNAチップにおけるサザン・パテントの問題
3.6 マイクロアレイ型バイオチップの課題
第3章 マイクロアレイ技術
1 インクジェット法による臨床用DNAマイクロアレイの開発
1.1 はじめに
1.2 逐次合成法によるDNAマイクロアレイ
1.3 キヤノンのDNAマイクロアレイ開発コンセプト
1.4 キヤノンのDNAマイクロアレイ作成方法
1.5 DNAマイクロアレイの品質
1.6 新開発のBJヘッドによるコストダウン
1.7 感染症原因菌同定用DNAマイクロアレイの開発
1.8 胃がん予後診断用マイクロアレイ
1.9 おわりに
2 GENESHOT(R)を用いたDNAマイクロアレイの製造とその産業応用
2.1 GENESHOT(R)の紹介
2.2 DNAマイクロアレイの受託製造事業
2.3 製品品質
2.4 医療応用
2.5 今後の展望
3 エレクトロスプレー・デポジション法
3.1 はじめに
3.2 微細パターン形成技術とその応用
3.3 エレクトロスプレー・デポジション法
3.3.1 エレクトロスプレー・デポジション法の原理
3.3.2 ESD法による微細パターンの形成
3.3.3 抗体チップの形成例
3.3.4 マイクロ流体チップによる抗原抗体反応の検出
3.4 まとめ
4 次世代二次元電気泳動ツールの開発動向
4.1 はじめに
4.2 二次元電気泳動の基本原理
4.2.1 等電点電気泳動(IEF)
4.2.2 SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)
4.3 自動二次元電気泳動システム
4.3.1 オンチップ二次元電気泳動システム
4.3.2 高速全自動二次元電気泳動システム
4.4 展望
5 ケミカルプリンタ
5.1 はじめに
5.2 ケミカルプリンタの機能
5.2.1 微量分注ヘッド
5.2.2 サンプル画像取り込みとプリント位置設定
5.2.3 質量分析装置への分注ポジション座標の受け渡し
5.3 転写膜上でのPMF解析
5.3.1 サンプルの準備
5.3.2 微量試薬分注と膜上酵素反応
5.3.3 MALDI-TOF MS
5.3.4 PMF解析例
5.3.5 1スポット内でのミクロスケール複数解析
5.4 分子間相互作用を応用した解析
5.4.1 Western MS法の流れ
5.4.2 Western MS法の実施例
5.4.3 Interaction MS法
5.5 組織切片への応用
5.5.1 組織切片の搭載方法
5.5.2 組織切片解析例
5.6 むすび
第4章 固定化技術
1 生体分子のマイクロアレイ固定化法
1.1 はじめに
1.2 物理吸着固定化法
1.3 イオン結合固定化
1.4 包埋固定化法
1.5 共有結合固定化法
1.5.1 生体分子固有の官能基を用いて固定化する方法
1.5.2 On chip合成
1.5.3 生体分子修飾による固定化
1.6 生体親和性結合による固定化
1.6.1 アビジン-ビオチン系
1.6.2 His-Tag系
1.6.3 DNAを介した固定化
1.6.4 プロテインA/プロテインG仲介系
1.6.5 その他の生体親和性捕捉リガンド系
1.7 おわりに
2 ヒドロゲル包埋法
2.1 はじめに
2.2 ヒドロゲル
2.3 高分子ヒドロゲル
2.4 超分子ヒドロゲル
2.4.1 超分子ヒドロゲルによるタンパク質の固定化(セミウェットプロテインアレイ)
2.4.2 超分子ヒドロゲルによる人工レセプターの固定化
2.4.3 超分子ヒドロゲルによる細胞の固定化
2.5 おわりに
第5章 検出技術
1 レーザー
1.1 バイオチップの光学的検出手法
1.2 スキャン技術
1.2.1 スキャナ構成
1.2.2 スキャナ製品例
1.3 光学系
1.4 励起光源
1.5 検出器
1.6 光学要素
1.6.1 ダイクロイックミラー(DM)
1.7 蛍光標識色素
1.7.1 蛍光強度
1.7.2 蛍光色素
1.8 集光と特定の位置へのアドレッシング
1.8.1 デジタル検出技術の開発
1.8.2 繊維型DNAチップにおけるスポットの位置決め方法
1.9 検出装置の性能指標
1.9.1 検出限界
1.9.2 感度
1.9.3 解像度
2 電気化学的遺伝子検出技術
2.1 はじめに
2.2 電極上への核酸プローブの固定化技術
2.3 電気化学的な遺伝子検出技術(固相反応)
2.3.1 標識剤を用いない検出方法
2.3.2 標識を利用する検出方法
2.4 電気化学的な遺伝子検出技術(液相反応)
2.5 電気化学的DNAチップとDNA自動検査装置
2.6 まとめ
3 SPR
3.1 はじめに
3.2 表面プラズモン共鳴(SPR)センサ
3.3 マイクロアレイ・バイオチップと2次元SPRイメージングセンサ
3.4 2次元SPRセンサの解像度と感度の向上
3.5 2次元SPR免疫センサによるバイオセンシング
3.6 おわりに
4 Surface-enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry(SELDI TOF-MS)法:質量分析技術を応用した生体高分子の検出法
4.1 はじめに
4.2 Surface-enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectometory(SELDI TOF-MS)法の原理と特徴
4.2.1 ProteinChip SELDIシステムの概要と特徴
4.2.2 プロテインチップ
4.2.3 プロテインチップ・リーダー
4.2.4 データ解析ソフトウエア
4.3 SELDI TOF-MS法による生体高分子検出の実際
4.3.1 ProteinChip SELDIシステムによるバイオマーカー探索
4.3.2 ProteinChip SELDIシステムによるペプチド・タンパク質の精製同定
4.3.3 ProteinChip SELDIシステムによる相互作用解析
4.4 おわりに
【応用編】
第6章 マイクロアレイ・バイオチップの応用
1 DNAマイクロアレイ
1.1 遺伝子配列解析
1.2 遺伝子発現解析
1.3 CpGメチル化検出
1.4 ChIP-chip法
1.5 感染症診断
2 RNAマイクロアレイ
3 プロテイン・マイクロアレイ
4 膜タンパク質マイクロアレイ
5 タンパク質ドメインマイクロアレイ
6 細胞破砕物マイクロアレイ(リバース・プロテイン・マイクロアレイ)
7 抗体マイクロアレイ
8 アプタマー・マイクロアレイ
9 低分子マイクロアレイ
10 抗原マイクロアレイ
11 ペプチド・マイクロアレイ
12 糖鎖マイクロアレイ
13 レクチン・マイクロアレイ
14 細胞マイクロアレイ
15 組織マイクロアレイ
16 対細胞(遺伝子制御)のDNA,siRNAマイクロアレイ
17 対細胞(表現型依存)の抗体,タンパク質,基材マイクロアレイ
18 おわりに
第7章 DNAチップ
1 はじめに
2 DNAチップの原理とプラットフォームの分類
3 DNAチップの関連技術(ハードウェア)
3.1 プリント型チップ
3.2 オンサイト合成チップ
3.3 ビーズ型チップ
3.4 繊維型チップ
3.5 ハイブリ技術
4 検出技術
4.1 蛍光検出技術
4.2 粒子標識法
4.3 その他の検出法
5 応用動向
5.1 発現解析(標準化)
5.2 診断応用
5.3 RNA解析
6 まとめ
第8章 プロテインマイクロアレイ
1 疾患プロテオームマイクロアレイ
1.1 はじめに
1.1.1 プロテインチップとはなにか?
1.1.2 プロテインチップの種類
1.2 固定化するタンパク質の調製
1.3 プロテインチップへのタンパク質の固定化
1.4 プロテインチップ上の標的分子の検出
1.5 プロテインチップによるタンパク質の発現解析
1.6 プロテインチップによるタンパク質の機能解析
1.6.1 疾患関連タンパク質と相互作用するタンパク質やリガンドの解析
1.6.2 疾患関連タンパク質の翻訳後修飾の解析
1.7 高密度プロテインチップ作製の試み
1.8 おわりに
2 2次元電気泳動プロテインチップによる病態解析
2.1 はじめに
2.2 プロテオミクスによる臨床診断への方法論開発の経緯
2.2.1 ショットガン法
2.2.2 SELDI法
2.2.3 キャピラリー電気泳動/チップ電気泳動
2.2.4 プロテインマイクロアレイ
2.3 2次元電気泳動プロテインチップ(2D-プロテインチップ)の試み
2.3.1 2次元電気泳動を用いたdifferential displayとデータベース構築
2.3.2 2次元電気泳動プロファイリングデータベース
2.4 2次元電気泳動プロテインチップを用いた臨床応用
2.4.1 脳腫瘍の融合的differential解析による病態解析
2.4.2 脳腫瘍2D-protein chipを用いた脳腫瘍患者特異的変動分子の検索・同定,脳腫瘍staging/gradingマーカーとしての検証実験
2.4.3 自己免疫性の神経疾患の解析
2.5 おわりに
第9章 抗体マイクロアレイ
1 サマリー
2 はじめに
3 抗体マイクロアレイの要素技術
3.1 基板とタンパク質固定化法の検討
3.2 タンパク質ラベル化法の検討
3.3 検出方法の検討
4 臨床検体解析における問題点とその対応
4.1 感度
4.2 抗体マイクロアレイのデータ解析
5 おわりに
第10章 低分子アレイ
1 はじめに
1.1 低分子アレイとは
1.2 ケミカルバイオロジー研究におけるフォワードケミカルジェネティクスとリバースケミカルジェネティクス
1.3 ケミカルバイオロジー研究における低分子アレイの位置づけ
2 低分子アレイの種類
2.1 官能基依存型低分子アレイ
2.2 官能基非依存型低分子アレイ
2.3 細胞抽出物を用いた官能基非依存型化合物アレイ
3 低分子アレイの現状と問題点
3.1 化合物:保管と管理
3.2 研究者:化合物と標的タンパク質相互作用の解析
4 おわりに
第11章 ペプチドチップ
1 はじめに
2 ペプチドチップの特長
3 ペプチドチップの作製方法
4 ペプチドチップを用いたバイオアッセイ
5 プロテインフィンガープリント法
6 核酸塩基アミノ酸(PNA)-DNAハイブリダイゼーションを利用したペプチドチップフォーマット
7 光ファイバーを用いるペプチドチップフォーマット
8 おわりに
第12章 糖鎖アレイ
1 はじめに
2 リガンド複合体の調製
3 アレイタイプのシュガーチップの調製とSPRイメージング
4 インフルエンザウイルスの糖鎖結合活性の解析
5 おわりに
第13章 レクチンマイクロアレイの開発動向
1 はじめに
2 レクチンマイクロアレイの特徴
2.1 従来技術との比較
2.2 一般的な作製・使用工程の流れ
2.3 レクチンマイクロアレイに特有のデータ解析方法
2.4 レクチンマイクロアレイの解析対象とプロービング手法
3 レクチンマイクロアレイの開発動向
3.1 スイスネスレ研究所
3.2 テキサス大学Mahal研究室
3.3 産業技術総合研究所平林研究室
3.4 京都大学浜地研究室
3.5 イスラエルProcognia社
3.6 東京大学発バイオベンチャーサミット・グライコリサーチ社
3.7 その他の報告
4 おわりに
第14章 対細胞マイクロアレイ
1 細胞アレイ
1.1 はじめに
1.2 接着依存性細胞アレイ作製技術の最近の動向
1.3 BAM修飾基板上への非接着依存性細胞の固定化技術
1.3.1 BAM修飾表面の調製
1.3.2 BAM修飾基板上への細胞の固定化
1.3.3 BAM修飾表面上での固定化細胞の培養
1.4 BAM修飾基板上の固定化細胞への遺伝子導入技術
1.4.1 BAM修飾スライドグラス上での遺伝子/リポソーム複合体の固定化と固定化細胞への遺伝子導入
1.4.2 BAM修飾スライド上での固定化細胞への2種類の遺伝子導入とそのクロスコンタミネーションの確認
1.4.3 BAM修飾カバーガラス上での固定化細胞へのRNAiの導入
1.4.4 BAM修飾基板上での遺伝子導入接着非依存性細胞の高密度マイクロアレイの作製
1.5 おわりに
2 細胞用抗体・マトリックスアレイ
2.1 はじめに
2.2 細胞アレイによる表面マーカーの分析
2.2.1 抗体ディスプレイおよび表面マーカーの定量的パラレル分析
2.2.2 ハイスループット検出
2.2.3 幹細胞表面マーカーの同定
2.3 細胞アレイによる人工細胞外マトリックスのスクリーニング
2.4 おわりに
3 細胞測定用ペプチドアレイ
3.1 はじめに
3.2 ペプチドアレイによる細胞測定
3.2.1 ペプチドアレイの特徴
3.2.2 ペプチドアレイを用いた細胞アッセイ
3.3 細胞接着誘導ペプチドの探索
3.3.1 間葉系幹細胞(Mesenchymal Stem Cell:MSC)接着誘導ペプチドの探索
3.3.2 皮膚角化細胞特異的接着誘導ペプチドの探索
3.4 細胞死誘導ペプチドの探索
3.5 FNNを用いた細胞接着ペプチドのデザイン
3.6 おわりに
第1章 マイクロアレイ・バイオチップの基礎
1 マイクロアレイ・チップのはじまり
2 マイクロアレイの要素技術
2.1 基板素材
2.2 形状
2.3 マイクロアレイ技術
2.4 固定化法
2.5 検出技術
3 マイクロアレイ・バイオチップを使用した分析システム
4 マイクロアレイの標準化
5 マイクロアレイ・バイオチップのこれから
第2章 チップ素材と形状
1 プラスチック
1.1 従来から使用されてきた素材
1.2 期待される素材プラスチック
1.3 バイオチップに採用されるプラスチック基板開発
1.4 更なる付加価値を生み出すための表面処理開発
1.5 DNAチップへの適用
1.6 プロテインチップへの適用
1.7 マイクロ流路チップへの適用
1.8 結語:バイオチップ用素材はプラスチックベースが最適
2 ダイヤモンド上のDNA固定化技術とハイブリダイゼーション検出
2.1 どうしてダイヤモンド表面か?sp3結合のダングリングボンドの重要性
2.2 各種終端構造の性質
2.3 ダイヤモンド上でのリンカー分子を介してのDNA固定とリンカーなしの直接固定
2.4 ダイヤモンド表面での終端構造の作りわけと生体分子の相互作用と蛍光法によるハイブリダイゼーション
2.5 DNAの電界効果トランジスタによる電荷検出
2.6 ダイヤモンドの気相合成技術と結晶のタイプ
2.7 まとめ
3 マイクロアレイ型バイオチップの形状
3.1 バイオチップの基本概念と必要機能
3.1.1 マイクロアレイ型バイオチップ
3.1.2 マイクロ流路型バイオチップ
3.1.3 その他の検出方法のバイオチップ
3.2 マイクロアレイ型バイオチップに用いられる基材の特徴
3.3 各種のマイクロアレイ型バイオチップの形状
3.3.1 板状マイクロアレイ型
3.3.2 異型タイプ:スライドガラス様板状タイプ
3.3.3 異型タイプ:中空糸
3.3.4 異型タイプ:電気化学検出型
3.3.5 異型タイプ:ビーズアレイ
3.3.6 異型タイプ:糸巻き型アレイ
3.4 プローブ・オン・キャリア(POC)型バイオチップ
3.5 DNAチップにおけるサザン・パテントの問題
3.6 マイクロアレイ型バイオチップの課題
第3章 マイクロアレイ技術
1 インクジェット法による臨床用DNAマイクロアレイの開発
1.1 はじめに
1.2 逐次合成法によるDNAマイクロアレイ
1.3 キヤノンのDNAマイクロアレイ開発コンセプト
1.4 キヤノンのDNAマイクロアレイ作成方法
1.5 DNAマイクロアレイの品質
1.6 新開発のBJヘッドによるコストダウン
1.7 感染症原因菌同定用DNAマイクロアレイの開発
1.8 胃がん予後診断用マイクロアレイ
1.9 おわりに
2 GENESHOT(R)を用いたDNAマイクロアレイの製造とその産業応用
2.1 GENESHOT(R)の紹介
2.2 DNAマイクロアレイの受託製造事業
2.3 製品品質
2.4 医療応用
2.5 今後の展望
3 エレクトロスプレー・デポジション法
3.1 はじめに
3.2 微細パターン形成技術とその応用
3.3 エレクトロスプレー・デポジション法
3.3.1 エレクトロスプレー・デポジション法の原理
3.3.2 ESD法による微細パターンの形成
3.3.3 抗体チップの形成例
3.3.4 マイクロ流体チップによる抗原抗体反応の検出
3.4 まとめ
4 次世代二次元電気泳動ツールの開発動向
4.1 はじめに
4.2 二次元電気泳動の基本原理
4.2.1 等電点電気泳動(IEF)
4.2.2 SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)
4.3 自動二次元電気泳動システム
4.3.1 オンチップ二次元電気泳動システム
4.3.2 高速全自動二次元電気泳動システム
4.4 展望
5 ケミカルプリンタ
5.1 はじめに
5.2 ケミカルプリンタの機能
5.2.1 微量分注ヘッド
5.2.2 サンプル画像取り込みとプリント位置設定
5.2.3 質量分析装置への分注ポジション座標の受け渡し
5.3 転写膜上でのPMF解析
5.3.1 サンプルの準備
5.3.2 微量試薬分注と膜上酵素反応
5.3.3 MALDI-TOF MS
5.3.4 PMF解析例
5.3.5 1スポット内でのミクロスケール複数解析
5.4 分子間相互作用を応用した解析
5.4.1 Western MS法の流れ
5.4.2 Western MS法の実施例
5.4.3 Interaction MS法
5.5 組織切片への応用
5.5.1 組織切片の搭載方法
5.5.2 組織切片解析例
5.6 むすび
第4章 固定化技術
1 生体分子のマイクロアレイ固定化法
1.1 はじめに
1.2 物理吸着固定化法
1.3 イオン結合固定化
1.4 包埋固定化法
1.5 共有結合固定化法
1.5.1 生体分子固有の官能基を用いて固定化する方法
1.5.2 On chip合成
1.5.3 生体分子修飾による固定化
1.6 生体親和性結合による固定化
1.6.1 アビジン-ビオチン系
1.6.2 His-Tag系
1.6.3 DNAを介した固定化
1.6.4 プロテインA/プロテインG仲介系
1.6.5 その他の生体親和性捕捉リガンド系
1.7 おわりに
2 ヒドロゲル包埋法
2.1 はじめに
2.2 ヒドロゲル
2.3 高分子ヒドロゲル
2.4 超分子ヒドロゲル
2.4.1 超分子ヒドロゲルによるタンパク質の固定化(セミウェットプロテインアレイ)
2.4.2 超分子ヒドロゲルによる人工レセプターの固定化
2.4.3 超分子ヒドロゲルによる細胞の固定化
2.5 おわりに
第5章 検出技術
1 レーザー
1.1 バイオチップの光学的検出手法
1.2 スキャン技術
1.2.1 スキャナ構成
1.2.2 スキャナ製品例
1.3 光学系
1.4 励起光源
1.5 検出器
1.6 光学要素
1.6.1 ダイクロイックミラー(DM)
1.7 蛍光標識色素
1.7.1 蛍光強度
1.7.2 蛍光色素
1.8 集光と特定の位置へのアドレッシング
1.8.1 デジタル検出技術の開発
1.8.2 繊維型DNAチップにおけるスポットの位置決め方法
1.9 検出装置の性能指標
1.9.1 検出限界
1.9.2 感度
1.9.3 解像度
2 電気化学的遺伝子検出技術
2.1 はじめに
2.2 電極上への核酸プローブの固定化技術
2.3 電気化学的な遺伝子検出技術(固相反応)
2.3.1 標識剤を用いない検出方法
2.3.2 標識を利用する検出方法
2.4 電気化学的な遺伝子検出技術(液相反応)
2.5 電気化学的DNAチップとDNA自動検査装置
2.6 まとめ
3 SPR
3.1 はじめに
3.2 表面プラズモン共鳴(SPR)センサ
3.3 マイクロアレイ・バイオチップと2次元SPRイメージングセンサ
3.4 2次元SPRセンサの解像度と感度の向上
3.5 2次元SPR免疫センサによるバイオセンシング
3.6 おわりに
4 Surface-enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry(SELDI TOF-MS)法:質量分析技術を応用した生体高分子の検出法
4.1 はじめに
4.2 Surface-enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectometory(SELDI TOF-MS)法の原理と特徴
4.2.1 ProteinChip SELDIシステムの概要と特徴
4.2.2 プロテインチップ
4.2.3 プロテインチップ・リーダー
4.2.4 データ解析ソフトウエア
4.3 SELDI TOF-MS法による生体高分子検出の実際
4.3.1 ProteinChip SELDIシステムによるバイオマーカー探索
4.3.2 ProteinChip SELDIシステムによるペプチド・タンパク質の精製同定
4.3.3 ProteinChip SELDIシステムによる相互作用解析
4.4 おわりに
【応用編】
第6章 マイクロアレイ・バイオチップの応用
1 DNAマイクロアレイ
1.1 遺伝子配列解析
1.2 遺伝子発現解析
1.3 CpGメチル化検出
1.4 ChIP-chip法
1.5 感染症診断
2 RNAマイクロアレイ
3 プロテイン・マイクロアレイ
4 膜タンパク質マイクロアレイ
5 タンパク質ドメインマイクロアレイ
6 細胞破砕物マイクロアレイ(リバース・プロテイン・マイクロアレイ)
7 抗体マイクロアレイ
8 アプタマー・マイクロアレイ
9 低分子マイクロアレイ
10 抗原マイクロアレイ
11 ペプチド・マイクロアレイ
12 糖鎖マイクロアレイ
13 レクチン・マイクロアレイ
14 細胞マイクロアレイ
15 組織マイクロアレイ
16 対細胞(遺伝子制御)のDNA,siRNAマイクロアレイ
17 対細胞(表現型依存)の抗体,タンパク質,基材マイクロアレイ
18 おわりに
第7章 DNAチップ
1 はじめに
2 DNAチップの原理とプラットフォームの分類
3 DNAチップの関連技術(ハードウェア)
3.1 プリント型チップ
3.2 オンサイト合成チップ
3.3 ビーズ型チップ
3.4 繊維型チップ
3.5 ハイブリ技術
4 検出技術
4.1 蛍光検出技術
4.2 粒子標識法
4.3 その他の検出法
5 応用動向
5.1 発現解析(標準化)
5.2 診断応用
5.3 RNA解析
6 まとめ
第8章 プロテインマイクロアレイ
1 疾患プロテオームマイクロアレイ
1.1 はじめに
1.1.1 プロテインチップとはなにか?
1.1.2 プロテインチップの種類
1.2 固定化するタンパク質の調製
1.3 プロテインチップへのタンパク質の固定化
1.4 プロテインチップ上の標的分子の検出
1.5 プロテインチップによるタンパク質の発現解析
1.6 プロテインチップによるタンパク質の機能解析
1.6.1 疾患関連タンパク質と相互作用するタンパク質やリガンドの解析
1.6.2 疾患関連タンパク質の翻訳後修飾の解析
1.7 高密度プロテインチップ作製の試み
1.8 おわりに
2 2次元電気泳動プロテインチップによる病態解析
2.1 はじめに
2.2 プロテオミクスによる臨床診断への方法論開発の経緯
2.2.1 ショットガン法
2.2.2 SELDI法
2.2.3 キャピラリー電気泳動/チップ電気泳動
2.2.4 プロテインマイクロアレイ
2.3 2次元電気泳動プロテインチップ(2D-プロテインチップ)の試み
2.3.1 2次元電気泳動を用いたdifferential displayとデータベース構築
2.3.2 2次元電気泳動プロファイリングデータベース
2.4 2次元電気泳動プロテインチップを用いた臨床応用
2.4.1 脳腫瘍の融合的differential解析による病態解析
2.4.2 脳腫瘍2D-protein chipを用いた脳腫瘍患者特異的変動分子の検索・同定,脳腫瘍staging/gradingマーカーとしての検証実験
2.4.3 自己免疫性の神経疾患の解析
2.5 おわりに
第9章 抗体マイクロアレイ
1 サマリー
2 はじめに
3 抗体マイクロアレイの要素技術
3.1 基板とタンパク質固定化法の検討
3.2 タンパク質ラベル化法の検討
3.3 検出方法の検討
4 臨床検体解析における問題点とその対応
4.1 感度
4.2 抗体マイクロアレイのデータ解析
5 おわりに
第10章 低分子アレイ
1 はじめに
1.1 低分子アレイとは
1.2 ケミカルバイオロジー研究におけるフォワードケミカルジェネティクスとリバースケミカルジェネティクス
1.3 ケミカルバイオロジー研究における低分子アレイの位置づけ
2 低分子アレイの種類
2.1 官能基依存型低分子アレイ
2.2 官能基非依存型低分子アレイ
2.3 細胞抽出物を用いた官能基非依存型化合物アレイ
3 低分子アレイの現状と問題点
3.1 化合物:保管と管理
3.2 研究者:化合物と標的タンパク質相互作用の解析
4 おわりに
第11章 ペプチドチップ
1 はじめに
2 ペプチドチップの特長
3 ペプチドチップの作製方法
4 ペプチドチップを用いたバイオアッセイ
5 プロテインフィンガープリント法
6 核酸塩基アミノ酸(PNA)-DNAハイブリダイゼーションを利用したペプチドチップフォーマット
7 光ファイバーを用いるペプチドチップフォーマット
8 おわりに
第12章 糖鎖アレイ
1 はじめに
2 リガンド複合体の調製
3 アレイタイプのシュガーチップの調製とSPRイメージング
4 インフルエンザウイルスの糖鎖結合活性の解析
5 おわりに
第13章 レクチンマイクロアレイの開発動向
1 はじめに
2 レクチンマイクロアレイの特徴
2.1 従来技術との比較
2.2 一般的な作製・使用工程の流れ
2.3 レクチンマイクロアレイに特有のデータ解析方法
2.4 レクチンマイクロアレイの解析対象とプロービング手法
3 レクチンマイクロアレイの開発動向
3.1 スイスネスレ研究所
3.2 テキサス大学Mahal研究室
3.3 産業技術総合研究所平林研究室
3.4 京都大学浜地研究室
3.5 イスラエルProcognia社
3.6 東京大学発バイオベンチャーサミット・グライコリサーチ社
3.7 その他の報告
4 おわりに
第14章 対細胞マイクロアレイ
1 細胞アレイ
1.1 はじめに
1.2 接着依存性細胞アレイ作製技術の最近の動向
1.3 BAM修飾基板上への非接着依存性細胞の固定化技術
1.3.1 BAM修飾表面の調製
1.3.2 BAM修飾基板上への細胞の固定化
1.3.3 BAM修飾表面上での固定化細胞の培養
1.4 BAM修飾基板上の固定化細胞への遺伝子導入技術
1.4.1 BAM修飾スライドグラス上での遺伝子/リポソーム複合体の固定化と固定化細胞への遺伝子導入
1.4.2 BAM修飾スライド上での固定化細胞への2種類の遺伝子導入とそのクロスコンタミネーションの確認
1.4.3 BAM修飾カバーガラス上での固定化細胞へのRNAiの導入
1.4.4 BAM修飾基板上での遺伝子導入接着非依存性細胞の高密度マイクロアレイの作製
1.5 おわりに
2 細胞用抗体・マトリックスアレイ
2.1 はじめに
2.2 細胞アレイによる表面マーカーの分析
2.2.1 抗体ディスプレイおよび表面マーカーの定量的パラレル分析
2.2.2 ハイスループット検出
2.2.3 幹細胞表面マーカーの同定
2.3 細胞アレイによる人工細胞外マトリックスのスクリーニング
2.4 おわりに
3 細胞測定用ペプチドアレイ
3.1 はじめに
3.2 ペプチドアレイによる細胞測定
3.2.1 ペプチドアレイの特徴
3.2.2 ペプチドアレイを用いた細胞アッセイ
3.3 細胞接着誘導ペプチドの探索
3.3.1 間葉系幹細胞(Mesenchymal Stem Cell:MSC)接着誘導ペプチドの探索
3.3.2 皮膚角化細胞特異的接着誘導ペプチドの探索
3.4 細胞死誘導ペプチドの探索
3.5 FNNを用いた細胞接着ペプチドのデザイン
3.6 おわりに
