第1章　シュガー・フェノールプラットフォームの形成
1.　ポスト京都議定書時代へ―新しいプラットフォームを目指して
2.　環境基盤の「ものづくり」技術立国へ―日本の針路
3.　産業構造の革命へ―石油依存社会構造からの脱却へのプラットフォームの創製

第2章　世界のバイオリファイナリー動向
1.　はじめに
2.　統合バイオリファイナリーとは
3.　世界におけるバイオリファイナリー研究の動向
4.　統合的なバイオリファイナリー研究の重要性
5.　神戸大学における統合バイオリファイナリーセンターの役割
6.　統合バイオリファイナリーの実現に向けた4つの柱
7.　今後の活動と期待される成果

第3章　バイオマス作物の増産
1.　はじめに
2.　デンプン作物
3.　ショ糖を生産する作物
4.　脂質を生産する作物
5.　リグノセルロースを生産する作物
6.　バイオマス増産に向けた育種と栽培法の改良
7.　バイオマス作物の代謝工学
8.　悪環境でのバイオマス増産
9.　バイオマス作物増産に向けた研究開発の今後

第4章　セルロース処理と糖化への新戦略
1.　微生物による前処理糖化の最新技術
　　1.1　はじめに
　　1.2　土壌微生物と植物バイオマスの研究
　　1.3　リグノセルロース系バイオマスの前処理・糖化技術
　　1.4　おわりに
2.　セルロソームを中核としたセルロース系バイオマス糖化技術の開発
　　2.1　はじめに
　　2.2　セルロース系バイオマスの酵素糖化
　　2.3　セルロソームの構造と機能
　　2.4　高活性を有するC.thermocellum菌株のスクリーニングと活用
　　2.5　セルロソームの糖化能力を高める補助酵素
　　2.6　セルロソームと補助酵素を組み合わせたセルロース系バイオマスの糖化
　　2.7　セルロソームを中核としたセルロース系バイオマスの糖化戦略
　　2.8　おわりに
3.　メカノケミカル酵素糖化法
　　3.1　はじめに
　　3.2　木材・セルロースの構造
　　3.3　酵素糖化のための前処理方法
　　3.4　粉砕による前処理
　　3.5　ナノファイバー化処理
　　3.6　湿式メカノケミカル処理の効率化
　　3.7　酵素糖化
　　3.8　バイオエタノールベンチプラント
　　3.9　オンサイト酵素生産
　　3.10　おわりに
4.　バイオガスプラント脱離液のアンモニアストリッピングとセルロースバイオマスのアンモノリシス
　　4.1　メタン発酵プロセスと脱離液中の窒素について
　　4.2　セルロースバイオマスと回収アンモニアとの反応
　　4.3　今後の展開

第5章　リグニン処理の新戦略
1.　リグニン量と構造の制御
　　1.1　はじめに
　　1.2　リグニンの化学構造と機能
　　1.3　バイオ燃料生産に向けた育種目標と関連するリグニンの性質
　　1.4　ケイヒ酸モノリグノール経路の代謝工学
　　1.5　おわりに
2.　担子菌の特異的リグニン分解を利用したリグノセルロース前処理
　　2.1　バイオリファイナリーと白色腐朽菌
　　2.2　選択的白色腐朽の特徴
　　2.3　白色腐朽菌のバイオマス変換前処理への応用
　　2.4　選択的白色腐朽菌によるラジカル反応の制御と応用

第6章　バイオエネルギーと新プラットフォーム形成
1.　エタノール
　　1.1　はじめに
　　1.2　CBPによるバイオエタノール製造に向けた酵母育種
　　1.3　高温でのセルロースからのバイオエタノール生産に適した酵母育種
　　1.4　カクテルδインテグレーション法によるセルラーゼ発現バランス最適化酵母の創製
　　1.5　合成生物学による微生物工場の強化
　　1.6　イオン液体によるバイオマス前処理
　　1.8　おわりに
2.　組換え微生物による1-プロパノール生産
　　2.1　はじめに
　　2.2　プロパノール生産経路の設計
　　2.3　1,2-PD生産菌の育種
　　2.4　1-プロパノール生産菌の育種
　　2.5　おわりに
3.　Clostridium属細菌によるバイオブタノール生産
　　3.1　はじめに
　　3.2　アセトン・ブタノール菌の種類とその代謝
　　3.3　ソルベント毒性
　　3.4　ソルベント毒性回避の取り組み
　　3.5　おわりに
4.　セルロース系バイオマスからのブタノール生産
　　4.1　はじめに
　　4.2　ABE発酵
　　4.3　セルロース系バイオマスの利用
　　4.4　バイオマス利用に関連したClostridium属のゲノム解析とその応用
　　4.5　まとめ
5.　バイオガスの生物的生産および変換法
　　5.1　はじめに
　　5.2　バイオガス生産
　　5.3　バイオガスの生物変換
6.　食品廃棄物を用いた水素製造技術
　　6.1　はじめに
　　6.2　微生物による食品廃棄物からの水素生産の意義
　　6.3　水素・メタン二段発酵におけるエネルギー回収の有効性について
　　6.4　製パン廃棄物を原料とした水素生産(900L　パイロットスケール)
　　6.5　食品廃棄物を用いた水素製造技術の普及を目指して
　　6.6　今後の課題

第7章　バイオプロダクトと新プラットフォーム形成
1.　トルラ酵母Candida　utilisを用いたL-乳酸の発酵生産
　　1.1　はじめに
　　1.2　微生物を用いた乳酸の生産
　　1.3　トルラ酵母Candida　utilisを用いた乳酸の生産
　　1.4　L-乳酸生産の今後の課題
　　1.5　おわりに
2.　D-乳酸,イソプロパノール,グリコール酸生産
　　2.1　はじめに
　　2.2　D-乳酸生産大腸菌触媒の開発
　　2.3　イソプロパノール(IPA)生産大腸菌触媒の開発
　　2.4　グリコール酸生産大腸菌触媒の開発
　　2.5　おわりに
3.　アミノ酸全般
　　3.1　はじめに
　　3.2　近年のアミノ酸生産技術の進歩
　　3.3　嫌気条件下におけるアミノ酸生産
　　3.4　原料の利用能拡大　
　　3.5　おわりに
4.　光学活性アミン類の合成
　　4.1　はじめに
　　4.2　加水分解酵素による速度論的(動的)光学分割
　　4.3　アミノ基転移酵素による反応
　　4.4　アミン酸化酵素の利用
　　4.5　微生物触媒によるイミン不斉還元
　　4.6　おわりに
5.　3-ヒドロキシプロピオン酸と1,3-プロパンジオールの併産
　　5.1　はじめに
　　5.2　嫌気性菌によるグリセリン利用システム―Klebsiella　pneumoniae,Lactobacillus　reuteriのpduオペロン
　　5.3　1,3-プロパンジオールと3-ヒドロキシプロピオン酸
　　5.4　1,3-PDと3-HPAc併産発酵に必要な酵素遺伝子の取得と大腸菌での発現
　　5.5　L.reuteri　JCM1112株の培養解析と遺伝子強化
　　5.6　L.reuteri　JCM1112株での1,3-PDと3-HPAc併産培養
　　5.7　今後の方向
　　5.8　おわりに
6.　微生物によるコハク酸生産
　　6.1　はじめに
　　6.2　コハク酸誘導体
　　6.3　コハク酸発酵
　　6.4　コハク酸を生産できる微生物
　　6.5　発酵生産したコハク酸の回収
7.　酸化還元反応を利用する有用物質生産
　　7.1　はじめに
　　7.2　ケトン類の不斉還元反応による光学活性アルコールの生産
　　7.3　二級アルコールのデラセミ化による光学活性アルコールの生産
　　7.4　アミノ酸のデラセミ化による非天然型L-ノルバリンの生産
　　7.5　Baeyer-Villigerモノオキシゲナーゼの合成反応への応用
　　7.6　スチレンモノオキシゲナーゼ反応による光学活性エポキシドの合成
　　7.7　チトクロームP450反応の医薬品製造への応用
　　7.8　ラッカーゼ反応の食品への応用
　　7.9　おわりに
8.　5-アミノレブリン酸の発酵生産と用途開発
　　8.1　はじめに
　　8.2　ALAの製造方法
　　8.3　ALA配合液体肥料の開発
　　8.4　ALAの広がる応用分野
9.　脂肪酸誘導体の合成
　　9.1　はじめに
　　9.2　共役化反応
　　9.3　不飽和化反応
　　9.4　飽和化反応
　　9.5　水和反応
　　9.6　カルボン酸還元反応
　　9.7　おわりに
10.　高分子型導電性ポリマー用モノマーの合成(
　　10.1　はじめに
　　10.2　共役系高分子
　　10.3　バイオによる芳香族共役系高分子モノマーの合成
　　10.4　まとめ
11.　バイオリファイナリーからのフェノールプラットフォーム-フェノール化合物への変換
　　11.1　はじめに
　　11.2　産業上有用なフェノール化合物
　　11.3　自然界におけるリグニンや高付加価値芳香族化合物の生合成
　　11.4　自然界でのリグニンの分解
　　11.5　酵素を用いた工業的なリグニン分解
　　11.6　酵母の細胞表層工学を用いたリグニン分解酵素の利用
　　11.7　おわりに
12.　乳酸ポリマーのワンポット微生物合成
　　12.1　はじめに
　　12.2　乳酸ポリマー合成プロセスのパラダイムシフト
　　12.3　乳酸ポリマー合成を実現する微生物工場
　　12.4　微生物工場のエンジン「乳酸重合酵素」の発見
　　12.5　乳酸ポリマー生産用微生物工場の稼動
　　12.6　微生物工場のモデルチェンジ
　　12.7　将来展望
13.　ポリオール
　　13.1　はじめに
　　13.2　植物油脂由来ポリオール
　　13.3　分岐状ポリ乳酸ポリオール
　　13.4　おわりに